北京同仁堂股份有限公司經營分公司是股份公司的核心經營企業，成立于1997年，前身是北京市藥材公司業務一科。現有職工187人，包括副主任藥師、執業藥師、主管藥師、中藥師、藥士等90多名。公司擁有一支高素質的營銷隊伍，分布在13個銷售區域，全國共設有29個辦事處。經營分公司目前設有5部一室，采用進銷存計算機系統對經營流程進行全方位的管理，高效、規范。 2014年6月，經營分公司順利地完成了新版GSP的換證驗收工作，成為北京市首家通過新版GSP驗收的醫藥企業。經營范圍包括中成藥、中藥材、保健食品，其中中成藥劑型范圍包括，丸劑（蜜丸、水蜜丸、水丸、濃縮丸、糊丸）、酒劑、散劑、顆粒劑、合劑、口服液、膠囊劑、滴丸劑、片劑、糖漿劑、膏藥等多種劑型，中成藥種類眾多，涵蓋心腦血管類、婦科類、兒科類、清火類、呼吸系統類、補益安神類、消化系統類、祛風濕類、骨傷科類、五官類、皮膚外科類11大類別，有批準文號品種535個。同仁堂十大王牌品種中股份公司占9個：安宮牛黃丸、局方至寶丸、同仁牛黃清心丸、同仁大活絡丸、同仁烏雞白鳳丸、再造丸、紫雪散、國公酒、壯骨藥酒。其中擁有安宮牛黃丸、同仁牛黃清心丸、同仁大活絡丸、同仁烏雞白鳳丸、國公酒五個上億元品種。同仁堂十大名藥股份公司占7個：消栓再造丸、偏癱復原丸、塞隆風濕酒、京制咳嗽痰喘丸、骨刺消痛液、狗皮膏、兒童清肺口服液。 經營分公司以優秀的企業文化和品種群優勢作為企業的營銷策略，以“研究品種做終端”為經營理念，現已形成完善的終端營銷網絡和商業渠道網絡，網絡遍及全國33個省市自治區（除西藏自治區），擁有280余個一級經銷商，并在全國所有同仁堂藥店已實現股份公司品種全覆蓋。近年來經營分公司銷售額連續以每年15%的速度增長，截至2015年銷售規模已達24億元。